رمان "ناگازاکی" داستان زندگی کوبو شیمورا، یک مرد 56 ساله، را از زاویه دید او روایت می‌کند. کوبو، که احساس می‌کند زندگی‌اش به پایان رسیده است، در تنهایی و انزوا زندگی می‌کند. او هرگز در یک رابطه طولانی‌مدت قرار نگرفته و تنها ارتباط اندکی با همکارانش در اداره هواشناسی دارد. این انزوا و عدم ارتباط با دیگران باعث احساس تنهایی بیشتر او شده است. به جای برقراری ارتباط با همکارانش، کوبو اغلب اوقات خود را در اینترنت به دنبال دوست‌یابی می‌گذراند و با گویندگان اخبار تلویزیون صحبت می‌کند. خانه‌اش در گوشه‌ای از شهر واقع شده و روزهایش مانند هم می‌گذرند، که این روتین باعث شده او به مردی بدخلق تبدیل شود. داستان پیچیده‌تر می‌شود وقتی کوبو متوجه می‌شود که برخی از مواد غذایی از خانه‌اش ناپدید می‌شوند، که این مسئله روتین روزمره‌اش را به هم می‌ریزد. او احساس می‌کند که کسی یا چیزی به خانه‌اش نفوذ کرده و از خوراکی‌هایش استفاده می‌کند. کوبو برای نظارت بر خانه‌اش دوربینی نصب می‌کند، اما نامشخص است که آیا او آمادگی رویارویی با آنچه دوربین آشکار خواهد کرد را دارد یا نه. این رمان به ما نشان می‌دهد که چگونه تنهایی و انزوا می‌تواند تأثیرات عمیق و غیرمنتظره‌ای بر زندگی فرد داشته باشد.