وقتی جنگ شروع شد، او در ایرلند بود، اما لجاجتی خاص و سرسختانه باعث بازگشت او به پاریس شد که درست در همین زمان گرفتار اشغال شد. فعالیت‌های حزب مقاومت، زندگی او را به خطر انداخت و مجبور شد به منطقه‌ای آزاد فرار کند. پس از فرار، در مزارع سیب‌زمینی کار می‌کرد و شب‌ها «وات» را می‌نوشت که در سال 1953 آن را به چاپ رساند. پس از جنگ به پاریس بازگشت و با نوشتن منحصرا به زبان فرانسوی، وارد دورۀ خلاقانۀ شگفت‌انگیزی شد. در این دوره «در انتظار گودو» و سه رمان «مالوی»، «مالون می‌میرد» و «نام‌ناپذیر» را به‌عنوان شناخته‌ شده‌ترین آثارش نوشت. در اواسط دهۀ 1950، «در انتظار گودو» در انگلستان، آمریکا و اکثر اروپا اجرا و خوانده شد که موضوع بحث و گفت‌و‌گوی بسیاری از منتقدین نیز بود. نسخه‌های انگلیسی رمان‌های فرانسوی او هم به چاپ رسید و نمایشنامه‌های تازه‌ای با نام‌های «دست آخر» (1958)، «آخرین نوار کراپ» (1958) و «چه روزهای خوشی» (1961) نیز به چاپ رسیدند. رمان پر ابهام «آن‌طور که هست» در سال 1961، به زبان فرانسوی و در سال 1963، به زبان انگلیسی به چاپ رسید. سفارش های متنوعی از بی‌.بی.سی. منجر به نگارش نمایشنامه‌های رادیویی «همۀ افتادگان»، «خل‌واره»، «کلمات و موسیقی» و نمایشی تلویزیونی به نام «آره جو» شد. در سال 1964، باستر کیتون در فیلمنامه‌ای از بکت با عنوان «فیلم» بازی کرد. بکت همه‌چیز را دو بار به فرانسوی و انگلیسی و براساس استانداردهای معمول برتری می‌نویسد. اخیرا وی در زمینۀ نگارش متون بسیار کوتاه و مبهم تخصص یافته که آثاری عمیق و وسیع هستند و به قطعه‌های شکسته شباهت دارند. او به‌همراه همسرش سوزان در پاریس زندگی می‌کند، اما نام او در هیچ دفترچۀ تلفن یا دفترچۀ راهنمایی پیدا نمی‌شود.